朱鎔基去世，在兩岸關係上，象徵著一個時代的結束。雖然朱鎔基在經濟領域及作為反貪先鋒上為中國所推崇，事實上，他在兩岸關係方面也扮演著極重要的角色。
一九九六年台海爆發危機，從九五年六月時任台灣總統的李登輝以校友身份訪問美國康奈爾大學，並以「民之所欲，常在我心」為題發表演講開始，台海就進入動盪期，而且九六年又逢台灣第一次民選總統，因此，在九五年下半年，中國大陸就發動「武嚇」，朱鎔基則是在九六年這樣的背景下，出任國務院副總理。表面上，朱鎔基尚未公開發表涉台言論，不過這時他已經成為對台的核心人物之一。
根據台灣出版、由蔡瑋所著的學術論文《中共涉台決策與兩岸關係發展》（台北風雲論壇出版社，二零零零年），其中引用已故邵宗海教授在中國大陸的訪談內容，「根據邵宗海教授在中國大陸所做訪談指出，一九九六年汪道涵（前海協會會長）提出八十六個字『一個中國原則之意涵』的例子……」，「當時正值中共副總理朱鎔基在國外訪問，曾送正在國外訪問的朱鎔基閱示」，這是一九九六年「中央對台工作領導小組」在討論「一個中國原則之意涵」的政策文字，而朱鎔基也是實際參與者，也就是九九年一月十一日由汪道涵具名在《人民日報》發表的「一個中國原則之意涵」的八十六個字箴言：「世界上只有一個中國，台灣是中國的一部分，目前尚未統一。雙方應共同努力，在一個中國的原則下，平等協商，共議統一。一個國家的主權和領土是不可分割的，台灣的政治地位應該在一個中國的前提下進行討論」。這份文件也確立了往後中國大陸對台灣問題的論述及政策的基本框架，而朱鎔基是在這個兩岸思想背景下，進入對台工作的核心。
同樣，九六年飛彈危機也開啟美國介入台海爭端的戰略考驗，中國大陸與台灣都明確了解，解決兩岸問題的捷徑不在北京或台北，而在華盛頓。九六年台海危機之際，除了美國派遣尼米茲號及獨立號航母戰鬥群分別通過台灣海峽，宣示介入台海危機，北京更於九六年三月八日，在台海試射導彈，並越過台灣上空，在台灣東北角的三貂嶺落入外海。
美邀劉華秋秘訪華府
為免兩岸衝突擴大，美國三月八日邀中國國務院外事辦公室主任劉華秋秘訪華盛頓，由美國國務卿及國家安全顧問負責對談；而美方同時也邀請台灣的國安會秘書長丁懋時在三月九日到十二日秘訪紐約，並由美國副國務卿及國家安全副顧問負責與其談判，以平息兩岸之間衝突。這是台美斷交後，美方第一次實質介入台海危機的調停，並且把軍事手段與政治談判工具放在同一個天秤上使用，也成為美國後來思考介入兩岸衝突時最重要的案例。
對台灣而言，則開啟了對美的第二甚至第三軌道的遊說及接觸模式。台灣方面開始透過美國總統大選的政治獻金及國安局的國安秘賬，以「明德小組」作為槓桿，在美日之間從事第二軌道的運作。
九六年後，台灣對美、對中國大陸的工作基本上由過去外交及陸委會、海基會為主體，轉為以國安單位與總統府為主導，對美工作透過國安會與國安局的操作，用日本作為對美的重要支點，從九六年後開始在美日智庫、學界製造「中國威脅論」，由國安局提供各項秘密資金給日本、歐美的學界、公關公司舉辦各種「中國威脅論」的研討會，企圖影響美日與歐洲輿論界和政府，對中國大陸製造出不利的公共論述。
李登輝也在九六年當選後，透過當時的國安會諮詢委員蔡英文訪問德國，拜訪埃及的專攻分裂國家的學者，著手「特殊國與國關係」的論述，即後來著名的「兩國論」。
劉連昆將軍諜案關鍵
同樣的，台灣情治系統也在九五年前後全面部署對中國大陸的間諜網，其中最著名的就是軍情局的「少康一號」，中國大陸前總後勤部軍械部部長劉連昆將軍的「台諜案」轟動一時。台灣諜網買通劉連昆將軍，竊取演習導彈是空包彈的情報。這個專案在九六年台海危機時，在台灣發揮了絕對安定人心的效用，在中國大陸發射兩次飛彈時，李登輝都能在事前向台灣民眾宣示，這些飛彈都是空包彈，無需擔心，台灣民眾也能夠在北京武嚇下安然度過危機。
台灣除了透過日本作為對美的槓桿外，九六年美國總統克林頓競選連任時，台灣方面也透過克林頓的直接管道密道頓，由國民黨大掌櫃劉泰英出面接觸，甚至還親自到舊金山的Vermont Hotel與克林頓會面，有意捐贈一千五百萬美元政治獻金，作為克林頓連任的選舉經費。
以上大致是九六年美中台日的角力場景，而朱鎔基就在九六年以副總理身份，涉入兩岸間的複雜又高度敏感的鬥爭關係，在此鋪陳下，才會有二零零零年朱鎔基對台灣總統大選所發表的知名強硬談話。
一九九六年到二零零零年是兩岸在外交、國際輿論、諜報及經濟上全面角力的時代，而經過兩年副總理歷練後，一九九八年三月十九日朱鎔基升任總理，在首次記者會上，朱鎔基重申「江八點」是處理兩岸的基本方針。一九九八年十月十四日第二次「辜汪會談」在大陸舉行，汪道涵與海基會董事長辜振甫會談時，口頭提出八十六字的一個中國原則意涵，基本上包括，「台灣是中國的一部分」、「目前尚未統一」、「台灣的政治地位應該在一個中國的前提下討論」，汪道涵當時還補充說，「大陸加台灣就等於一個中國」，以此為基礎作為兩岸政治談判的框架，汪道涵更在九九年一月十一日正式提出文字版本。
而九九年四月八日朱鎔基訪美，在白宮與總統克林頓的聯合記者會上，以林肯及南北戰爭來論述兩岸狀態，朱鎔基表示，北京希望和平統一，但「我們也從沒有宣布放棄使用武力」，如果中國宣布放棄武力，恐怕台灣會「永遠從中國分離出去」，「林肯總統為了保持美國的完整，反對獨立與分離，不惜使用武力……所以我認為林肯總統是一個模範，是一個榜樣」。
在汪道涵及朱鎔基宣示兩岸的論述後，李登輝在九九年七月九日接受「德國之聲」訪問時，首度公開發表「特殊國與國關係」論述，這是李登輝在國安會一九九八年成立專案小組，以東西德分裂國家為模式對兩岸關係提出的新論述，也就是後來的「兩國論」，等同推翻了九六年到九八年間兩岸談判的基礎架構，兩國論的提出也直接影響了陳水扁、蔡英文及賴清德三位總統的兩岸論述框架，對兩岸關係形成極大的衝擊。
對台講話態度強硬
因此，在二零零零年三月十五日，台灣總統大選的前三天，朱鎔基在全國人大中外記者會上，發表了對台重要且嚴厲的談話，並且也成為後來北京對台政策的重要依據，朱鎔基表明「台灣的選舉是地方性選舉，是台灣人民自己的事情，我不想干預」，「但是我們必須講清楚，不管誰上台絕對不能搞台灣獨立，任何形式的台灣獨立都不能允許」，「現在，台灣人民面臨著緊急的歷史時刻，何去何從，切莫一時衝動，以免後悔莫及」，「還有三天世事難測，台灣同胞，你們要警惕啊」，並強調中國人民會以「鮮血與生命」捍衛國家統一與民族尊嚴。
朱鎔基強調不放棄武力，台獨是不可跨越的底線，自二零零零年的人大中外記者會後，兩岸又經過廿六年碰撞，除馬英九主政時代，台灣把對中國的主軸，拉回到九六年以前的「兩岸和解」路線之外，剩下的十八年民進黨主政時期，都在李登輝的「兩國論」路線下兩岸跌跌撞撞前行；而北京方面，對台獨的紅線也越來越明確，台灣在國際或兩岸的空間也被逐步緊縮，或許九九年的兩岸變局已埋下了現階段令人不安的台海因素。