在中日對抗衝突白熱化之際，韓國總統李在明繼訪華不到一週後訪問日本並與首相高市早苗舉行了會談，強調要以穩定的首腦穿梭外交為助力，積極推進日韓關係改善具體化的一攬子合作。對於外界傳言此次訪日是否有意斡旋中日矛盾？李在明回應稱，「干涉成年人的爭端會招致反感」，「韓國將通過靈活細緻的務實外交，拓展與周邊國家的合作基礎，維護國家利益，增強國力，更加積極地改善人民生活」。
元月十三日至十四日，李在明展開了為期兩天的日本行。此次訪日被安排在奈良，這既是高市早苗的故鄉，也是擁有許多與朝鮮半島百濟（現韓國）相關遺址和文物的古都。這突顯出高市試圖通過在自己家鄉和具有韓國歷史文化回憶的一舉兩得，來拉近日韓首腦間的互信，以特別的日韓首腦穿梭外交，增進日韓關係的穩定性，推進日韓合作的具體化議程，並重申日美韓三邊關係的重要性。李在明則以尋求平衡中日關係為基點，接續日韓首腦穿梭外交的機制化，以細緻靈活的務實外交為韓國爭取更多更實在的國家利益。
日韓首腦於十三日下午在奈良市的奈良萬豪酒店舉行會談，這也是去年十月底在韓國慶州ＡＰＥＣ峰會後，高市與韓國總統舉行的第二次首腦會談。該會談首先由高市與李在明等少數核心幕僚進行了二十分鐘的密談，然後舉行了由多名閣僚等參加的正式會談。高市表示，日韓關係展現出韌性，希望以此為契機，進一步將日韓關係提升至更高水平。李在明表示，能在奈良舉行首腦會晤意義重大。如果日韓首腦能夠攜手並肩，日韓民眾能夠齊心協力，就能共同邁向新的未來。
在聯合記者會上，高市表示，日韓關係和日韓美合作日益重要，兩國應攜手為地區穩定發揮作用。會談深入討論，並確認了加強包括供應鏈的戰略性和互利性合作。李在明表示，雙方就地區及國際問題廣泛交流，並一致認為韓日和韓美日開展合作維護地區和平穩定極其重要。李在明還強調指出，韓中日三國有必要盡可能尋求共同點並開展溝通合作。
值得關注的是，作為韓國政壇左翼政治代表的李在明過去一直對日本持強硬立場。文在寅時代，日韓因戰時勞工和慰安婦等歷史問題爭端鬧到幾乎翻臉，甚至互相實施貿易制裁。尹錫悅時代，作為最大在野黨黨首的李在明也嚴厲抨擊前總統尹錫悅的親美親日抗華路線。但去年六月當選成為韓國總統後，李在明君子豹變，對日本姿態戲劇性逆轉，首先主動對日拋出橄欖枝，表示不宜推翻既有與日本之間涉及殖民統治遺留問題達成的協議，從最容易引爆日韓爭端的堅持清算歷史問題轉身為務實合作，強調希望加強對日經濟與安全合作，重申日美韓三邊關係的重要性。
李在明去年六月就任總統後僅僅兩個月就率先訪問東京，與時任日本首相石破茂進行會談，雙方同意成立「政府間磋商機構」。隨後石破茂於九月底訪問了釜山，恢復了日韓首腦的穿梭外交。高市早苗當選新首相後於十月底訪問了韓國慶州，出席ＡＰＥＣ首腦峰會並首次與李在明舉行了會談。此次李在明訪日既是接續穿梭外交，也推進和落實日韓合作一攬子計劃。
在中美關係緊張和中日關係對抗加劇的背景下，韓國事實上成為了中美日都要拉攏的角色，這對韓國既可能是極好發展機遇也可能是地緣政治嚴峻挑戰。精明的李在明能否明智地避免過度偏袒任何一國，實現左右逢源的務實外交，成為解決國內經濟民生困境之關鍵。
李在明十四日訪問參觀了奈良的法隆寺，該寺是聖德太子於飛鳥時代（公元七百零六年）建造完成的佛教木結構寺院，保存有大量被日本政府指定為國寶和重要文化財產的建築及文物珍寶。法隆寺分為東西兩院，西院保存了金堂、五重塔，東院建有夢殿等，西院伽藍則是全世界現存最古的木構建築群；特別是相傳法隆寺是由百濟（現韓國）工匠把來自中國的佛塔和木結構傳到日本並修建完成的。日方此次特意安排李在明參觀法隆寺，旨在向韓國民眾傳遞日韓交流淵源流長。據亞洲週刊了解，二零二五年訪日外國人總數將首次突破四千萬人次，創下歷史新高。其中韓國人訪日人數將超過九百萬人次，名列榜首。