印尼三軍總司令阿古斯(圖)於三月一日在軍中內部宣布印尼三軍處於軍中一級戒備，此通報是基於應對在中東地區發生的戰端以及對印尼國內形勢的評估。印尼媒體後來於三月七日對此公開報道，引發政界人士不滿，顯示出軍方與民選政府間的微妙互動關係。在印尼現任總統普拉波沃上台後，軍方在政治上的影響力大增，甚至在一些議題上出現與同為軍人出身的普拉波沃相左，引起外界關注。除此外，印尼公民團體和非政府組織聯盟也認為三軍總司令的決定違憲，動用軍隊是總統作為最高司令的權力，而不是屬於三軍總司令的權力，對國內安全和地緣政治形勢的評估只能由總統或者國會作為民意代表去實施。印尼國民軍是國家機器，只能執行總統下達的命令，而不是進行評估或者動用軍隊。該聯盟也認為，印尼國內形勢仍由文人政府和執法部門把持且可控，無需軍方介入。